Принц изменил свою судьбу, убил стража Времени Дахаку и возвращается в Вавилон вместе с Императрицей Кайлиной (сюжет основывается на второй, более "счастливой" концовке Prince of Persia: Warrior Within), но Вавилон захвачен армией врага. Позже корабль Принца и Кайлины попадает под удар врага. Кайлину похищают, а Принц идёт на её поиски. Выясняя, в чем дело, Принц узнает, что в городе орудует его давний враг - визирь предатель. Поскольку ранее, на Острове Времени (во второй части игры), Принц отменил самое создание Песков Времени, он также отменил и все события, показанные в первой части игры, атаку армии своего отца на замок индийского Махараджи, открытие и закрытие Песочных Часов, а также убийство визиря. Однако, Махараджа отправился на Остров Времени, хотя не нашел там Песков (как было в предыдущем варианте истории, до того как Принц ее изменил), но были найдены книги о Песках и тот самый Кинжал Времени. Изучив все эти знания и заполучив Кинжал, визирь выяснил, что может заполучить вечную жизнь, для чего ему нужна Императрица Времени (Кайлина), поэтому он убил Махараджу и отправился в Вавилон, на встречу с Принцем. Принцу удалось захватить Кинжал Времени, и он, уповая на возможности Кинжала, собирается уничтожить визиря, несмотря на то, что тот уже стал бессмертным. Ему помогает принцесса Фара, знакомая по первой части игры, дочь Махараджи, которая, впрочем, Принца не помнит после сделанных им изменений в истории.
Одной из проблем Принца является пробудившееся в нем альтер-эго, связанное с тем, что Принц уже заражен Песками Времени, которое является циничным и жестоким голосом, разговаривающим с ним. Также Принц периодичесик транформируется внешне, превращаясь в песчаного монстра (что схоже с превращением в Песчаного Духа во второй части игры), который постоянное теряет здоровье, восполняя его только Песком.
