История игры начинается через несколько лет после окончания событий первой части. Вернувшись в родной Вавилон, Принц обнаруживает, что за ним охотится сверхъестественное создание Дахака (Dahaka) — страж Времени - жаждущее лишь одного: скорейшей смерти того, кто его потревожил. Принц позабыл, что во время спасения дворца султана, ему ненароком удалось прорвать единое Полотно Времени, изменив свою судьбу и вызвав тем самым в наш мир пришествие демона. Герой решается на самый отчаянный шаг — путешествие в прошлое. В процессе игры необходимо предотвратить появление Песков Времени, чтобы восстановить прежний баланс сил. Принц будет путешествовать из настоящего в прошлое и пытаться изменить свою судьбу.